有益菌和有害菌的區別在于它們對宿主的影響。有益菌主要指對人體有益的菌群，如腸道菌群中的雙歧桿菌、乳酸菌等，它們能夠促進消化吸收、維護腸道健康、增強免疫力等。而有害菌則是指能夠對人體造成傷害的菌群，如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌等，它們會引起感染、腹瀉、食物中毒等疾病。區別在于它們對人體的影響是有益還是有害。