將細菌細胞壁中的N-乙酰葡萄糖胺和N-乙酰克勞霉素水解成小分子物質，從而使細菌細胞壁破裂，細菌失去結構支持而死亡。溶菌酶可以促進細菌細胞壁的葡聚糖（聚醣）鏈的水解反應，從而引起細胞壁的破壞。它還可以通過將蛋白質水解成氨基酸，破壞細菌表面的蛋白質層，導致細菌死亡。溶菌酶在細菌感染的治療中被廣泛應用，可以作為一種有效的抗生素。