菌群多樣性是指一個生態系統（如土壤、海洋或腸道）中的微生物種類和數量的多樣性。它是一個重要的生態指標，對維持生態系統的穩定性和功能至關重要。菌群多樣性可以分為一級和二級。

　　二級菌群多樣性是指菌群的功能多樣性。換句話說，它是與各種生物和化學過程相關的菌群的功能多樣性。這些功能包括分解有機物質、氮固定、有害化學物質的降解和生產特定的化學物質。二級菌群多樣性對于生態系統的繁榮和健康至關重要。

　　保持一個健康的菌群多樣性可以通過多種方式來實現，包括減少使用農藥和化肥、使用有機肥料、避免過度滅菌以及鼓勵有益微生物的生長。