細菌分類的基本單位是種（species）。種是指具有共同遺傳特征和形態特征的一組相關細菌，其成員之間可以自由交配并產生可育后代。種是細菌分類的最基本分類單位，它可以進一步按照相關性和相似性劃分為屬（genus）、科（family）、目（order）、綱（class）、門（phylum）等更高級別的分類單位。