腸道門最常見的病原菌是大腸桿菌（Escherichia coli）和沙門氏菌（Salmonella），它們是引起食物中毒和腸道感染的主要病原菌之一。其他常見的腸道病原菌包括彎曲桿菌（Campylobacter）、耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌（MRSA）、克雷伯菌（Klebsiella）等。