菌群失調是指人體內菌群（包括腸道、皮膚、生殖道等處的微生物群落）的組成和平衡被打破，導致一系列問題的狀況。菌群失調可能導致炎癥反應，炎癥是免疫系統對于損傷、感染或刺激的一種自我保護機制，旨在清除致病微生物、修復組織損傷。當菌群失調時，某些有益菌的數量減少，或者某些有害菌的數量增多，導致免疫系統過度激活，產生過度的炎癥反應。菌群失調可能引起多種炎癥，如腸炎、皮膚炎、尿道炎等。